En el Laboratorio de Ecología Aplicada se desarrollan diversas líneas de investigación en ecología básica y aplicada de recursos naturales, principalmente acuáticos. Una de las principales líneas de investigación es el tratamiento de muestras biológicas para estudios de ecología trófica a través de análisis convencionales de dieta y de isótopos estables. Esta línea tiene como finalidad comprender el uso de hábitat y de los recursos por parte de depredadores topemarinos que habitan la costa chilena.
Otra de las líneas de investigación que se desarrollan en este laboratorio dice relación con el análisis de muestras relacionadas con el cultivo de almejas autóctonas, con el fin de incrementar la capacidad productiva del país mediante la incorporación de nuevas tecnologías y/o especies a ser cultivadas para exportación.
